종단의 활동을 전반적으로 계획하고 집행하는 부서로 총무국, 인사국과 시설국을 두고 있습니다. 총무국은 종헌 종법 시행에 따른 행정이나 불사 등을 집행하고 관할하는 것을 가장 중요한 업무로 삼고 있습니다. 그밖에 종단을 대표하여 공무 행정과 도서 출판, 그리고 종단홍보를 관장하며 종단과 관계된 건축 및 토목 불사 설계 및 허가에 관한 사항을 담당하고 있습니다. 인사국의 주된업무는 인사발령입니다. 종단의 발전을 위해서는 부족한 인력을 적재적소에 발령하여 업무분담을 시키는 일이 매우 중요합니다. 이를 위해 인사국에서는 가장 중요한 종단 인사인 주지 발령권, 신도회장과 각 지역의 신도회 간부, 그밖에 종단 인사에 대한 임명과 종도 전체의 상벌에 관한 사항을 통괄합니다. 시설국은 종단 사찰 건물의 신축, 개축, 보수및 시공에 관한 업무와 사찰 조경 및 단청에 관한 업무를 책임지고 있습니다.

종단이 교세를 신장하는데 교무부의 역할은 매우 중요하며, 그 역할도 점차 증대되고 있습니다. 교무부는 종도들과 일반 대중에게 불교의 가르침을 널리 가르치고 전파하는 업무를 담당하고 있으며, 산하에 교무국과 의전국, 포교국을 두고 있습니다. 의전국의 가장 중요한 업무는 법요의식을 담당하고 의전을 담당하는 스님의 교육과 관리입니다. 이와 함께 거사부전의 교육 및 지도 감독과 본산 법당 관리를 책임지고 있습니다. 이렇게 볼 때 교무부는 일선에서 신도포교를 직접 관장하는 부서라고도 할 수 있는 만큼 그 중요성은 아무리 강조해도 지나치지 않습니다.

종단의 교육불사를 전반적으로 관리하고 문화와 문화재관리를 총괄적으로 관리하고 있습니다. 교육부는 산하에 교육국과 문화예술국을 두어 업무분담을 하고 있습니다. 교육국은 구인사에서의 승려교육과 신도교육에 대한 모든 책임을 지고 있으며, 종단의 종립학원인 금강학원의 제반 업무를 맡고 있습니다. 이와 함께 불가의 전통적인 예절을 보급하고 교육시키는데 힘쓰고 있으며, 부설기관인 천태불교문화연구원을 통해 불교의 교리 및 학술연구도 전담하고 있습니다. 문화예술국은 종단의 불교문화와 예술을 발굴, 전파하는 책임을 지고 있으며, 이를 발전시키기 위한 천태예술제를 정기적으로 개최하고 있습니다. 또한 불교천태중앙박물관을 통해 종단이 소장하고 있는 문화재를 관리하고 있습니다.

종단의 재정을 총괄하는 부서로 종단이 발전하는데 밑바탕을 이루고 있으며, 산하에 재정국, 회계국과 제등국을 두고있습니다. 재정국은 종단재산의 관리와 재정 관리, 예산 결산에 관한 사항을 담당하고 있으며, 회계국은 수입과 지출에 대한 모든 사항을 관리하며, 보관되고 있는 재정을 통괄하고, 종단이 사용하는 물품을 구입하고 소비하는 전반적인 사항을 검사 관리 하고 있습니다. 제등국은 부처님오신날이나 상월원각대조사 탄신일 등 종단의 큰 행사를 장엄하는 봉축등을 제작, 설치하는 업무를 맡고 있습니다.

종단의 위상이 높아짐에 따라 그 중요성이 점차 커지고 있는 부서로 산하에 사회국과 섭외국, 영농국이 있습니다. 사회국은 사회복지 사업에 가장 비중을 두고 있으며 종단과 구인사 대중의 보건과 위생, 소방, 승려의 복지 및 노후대책을 차질없이 시행하는 업무에 중점을 두고 있습니다. 섭외국은 종단의 국제관계에 대한 업무와 시국과 관련된 대외적인 업무를 총괄하고 있습니다. 한편 영농국은 우리 종단에만 있는 독특한 부서로 영농에 관한 사업과 축산, 농장에서 일할 작업인력을 배치 관리합니다. 총본산 구인사에는 자체적인 커다란 농장을 운영 하며 사내 대중들이 소비하는 많은 주식과 부식 등을 자체 조달하고 있습니다. 이러한 농장의 운영을 통해 주경야선의 모범을 보이고 있는 점은 천태종만의 특징이 될만합니다.

사부대중들이 불교의 계율을 바로 지켜 종단이 청정한 계율로 수승한 승가를 이루는데 목표를 두고 있으며 규정국과 지도국으로 업무분장을 하고 있습니다. 규정국은 종단의 수행 기풍을 바로 세우고, 승려와 신도의 기강을 바로 세우는 문제, 종단의 규정을 어긴 대중에 대한 징계 및 사면, 복권에 대한 문제를 심사하고, 승려 및 신도의 자격을 조사하여 이를 수행합니다. 지도국은 각 종무기관의 종무를 면밀히 관찰하여 발생할 수 있는 비리를 미리 예방하고 지도함으로써 종단 산하단체를 지도 감독함을 주임무로 하고 있습니다.

기획실은 기획국과 전산국의 2국을 두고 있습니다. 기획국은 종단의 연간 사업계획 수립 및 예산 조정 통제 업무 등과 종 단 발전의 비전제시에 관한 사항 그리고 종단 중장기 발전 계획 수립에 관한 사항 등을 총괄하고 있습니다. 한편, 전산국은 종단 경영 관리 시스템 구축에 관한 사항과 종단 사찰 경리, 회계 전산화에 관한 사항 그리고 소프트웨어 개발 및 유지, 보 수등에 관한 사항을 담당하고 있습니다.